学校于2003年成立了研究生院，设一名院长主持日常工作，另设一名副院，下设学科建设处、培养处、管理处（研工部）、学位办和研究生院办公室。学校从1978年开始招收研究生，现有在校研究生近1.6万多人。
我校研究生教育始于1952年学校成立之初，1978年我国恢复研究生教育以后，我校研究生教育得到了较快的发展。1981年我国实施学位制度时，我校是首批具有硕士学位、博士学位授予权的单位之一。目前在校各类研究生数近7000人，其中博士生810人，科学硕士生2295人，全日制专业学位研究生1351人，非全日制专业学位研究生2460人。
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扬州大学的研究生教育开始于上世纪60年代初，是国务院批准的首批博士、硕士学位授予权单位。现有一级学科博士学位授权点11个，一级学科硕士学位授权点44个，博、硕士专业学位15种，涵盖近80个专业领域。拥有国家级重点学科3个、省一级学科重点学科6个、省优势学科5个、省重点序列学科1个。博士生导师200多人，硕士生导师2000多人，其中专业学位研究生导师600多人。在籍博、硕士研究生近10000人。
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