南京医科大学创建于1934年,时名江苏省立医政学院。1957年,由镇江迁至南京,更名为南京医学院。1962年,被列为全国首批六年制医药院校。1981年,被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年,更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。
南京医科大学康达学院坐落在中国首批14个沿海开放城市之一、新亚欧大陆桥东方桥头堡——江苏省连云港市风景名胜区花果山脚下。