中华人民共和国江苏海事局根据国务院办公厅“国办发199990号文件”于2000年7月26日正式成立，为交通运输部直属正厅级单位。
学院前身为南京海运学校和南京航运学校，始建于1951年，是新中国成立后建立的第一所培养远洋和内河船员的学校、中国首批履行STCW7895公约并为国际海事组织认可的航海院校，也是江苏省早将ISO9000质量管理标准引入党建和教育教学管理领域的高等院校之一。6
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