日本医科大学的前身济生学舍设立于1876年,是以培育具有高水平的西洋医学医师为本由长谷川泰设立的医科学府。校址在東京都文京区。
日本医科大学附属医院是日本屈指可数的大学医院,创建于1910年,位于东京文京区,目前拥有899张床位,职员2271名。医院主要科室有综合诊疗科、血液内科、过敏内科、消化器内科、小儿科、神经内科、肾脏内科、皮肤科、心理健康科、甲状腺外科、心脏血管外科、乳腺科、麻醉科、癌症中心、康复中心等。