日本国立天文台（National Astronomical Observatory of Japan，缩写为NAOJ）是日本的一个天文研究机构，成立于1988年，总部设于东京三鹰市，为国家自然科学院的分支机构。
日本国立科学博物馆（National Museum of Nature and Science）是日本的一家科学博物馆，前身为教育博物馆，创立于1877年，位于东京。日本国立科学博物馆设立目的主要为普及自然科学及社会教育。
宇宙航空研究开发机构（Japan Aerospace Exploration Agency,简称JAXA）是日本航太事业研究开发机构，2003年由3个航太相关机构组成，总部位于东京，隶属于文部科学省，主要发射中心为种子岛宇宙中心。
京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Gnomes；简称：KEGG）是日本一个专门系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库，是一个从高层次功能的数据库，主要有GENES数据库、PATHWAY数据库和LIGAND数据库。
Glyco论坛（Glyco Forum）是日本一个关于糖生物科学的学术论坛，主要为相关领域研究人员、教师和学者提供一个交流互动的平台。该网站提供了通俗易懂的糖科学概念和相关案例。
计算生物学研究中心是日本一个主要从事生物信息学基础组件技术研究和发展的网站，于2007年4月被改组。计算生物学研究中心专注于争取实现信息基础设施与相应外部资源的无缝集成，其中包括内部开发和维护应用软件及数据
柯尼卡美能达（Konica Minolta）是日本一个企业集团，是由柯尼卡美能达控股株式会社旗下的5家事业公司和2家机能共通公司组成的。其主要业务有：技术业务、光学业务、医疗及制像业务、传感业务 工业喷墨业务、天文馆业务等
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