庆应义塾大学医院是日本有名的大型医院，通称庆应医院或庆大医院。创建于1917年，拥有1044张床位，常任医师854名，齿科医师41名，看护师964名，药剂师91名。
圣路加国际医院是基督教系的综合医院，成立于1902年，是日本医疗史上第一所现代化医院，位于东京中央区明石町，医院创立的目标是在基督精神之下、以患者为中心的医疗照护。
日本国立癌症研究中心(National Cancer Center)建立于1992年，是以癌症研究及治疗为重点的国际中心医院。该院在日本首次引进医疗专用质子线治疗系统，也是世界上第二家开始临床应用的医疗机构。这种治疗技术可以帮助患者缩短治疗时间、提高照射精度从而减少患者的负担。如今该医院还接收了不少来自中国、韩国的患者。
日本榊原纪念医院，位于東京都府中市朝日町，成立于1977年，是亚洲心血管最好的医院，是一家心脏专科医院，在心血管、胸部大动脉瘤等领域在日本乃至亚洲排名第一，它也是世界上为数不多的能进行非体外循环下心脏不停跳冠状动脉搭桥术(OPCABG)的医院。
日本顺天堂医院(Juntendo University Hospital)是顺天堂医学部的附属医院，也是日本最大和最好的综合性医院之一，成立于1838年，坐落于东京市中心。该院是日本卫生厅指定的具有先进医疗资格的医院。
日本医科大学附属医院是日本屈指可数的大学医院，创建于1910年，位于东京文京区，目前拥有899张床位，职员2271名。医院主要科室有综合诊疗科、血液内科、过敏内科、消化器内科、小儿科、神经内科、肾脏内科、皮肤科、心理健康科、甲状腺外科、心脏血管外科、乳腺科、麻醉科、癌症中心、康复中心等。
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